PCB喷墨打印机的体系结构，大体上来说，它主要包括运动控制系统、喷墨打印系统、油墨固化系统、机器视觉系统、安全保障系统、电气系统和水冷系统等。具体来说，PCB喷墨打印机系统的总体架构为:
 
　　1)平台。包括用于放置固定PCB板，以及提供其他部件装配连接的空间。
　　2)运动控制系统。控制X、Y、Z运动轴的运动，主要包括PCB板放置平台、喷头等部分的运动。
　　3)安全保障系统。包括权限控制、激光限位和超声测距，能保障设备安全工作，避免发生危险。
　　4)喷墨打印系统。控制喷头准确无误地喷射所需要的图形、线路和字符等，具有较高的精度。
　　5)油墨固化系统。油墨喷印到板上后，需要立即固化，使之能及时凝固，呈现较好的打印效果。
　　6)水冷系统。硬件运作过程中会产生大量的热量，通过水的流动来为硬件降温，使之正常工作。
　　7)电气系统。包括供电回路、保护回路、信号回路等部分，以及制夹、喷头清洗等功能所需要的气压系统。用于保证设备正常运行，确保运行时的可靠性与安全性。
　　8)机器视觉系统。由视频采集卡与摄像头组成，用于完成CCD对位功能。其中摄像头与喷头安装在一起，方便操作。视频采集卡安装在计算机上，将摄像头采集到的视频传给计算机进行处理。